A estrutura orgânica da FDUAN compreende actualmente Órgãos de Apoio Consultivo, Serviços de Apoio Técnico e Serviços de Apoio Administrativo. São cinco os Órgãos de Apoio Consultivo da FDUAN, a saber, a Direcção, o Conselho Directivo, o Conselho Científico e o Conselho Pedagógico.

A Direcção é um órgão tripartido, que integra o Decano, o Vice-Decano para a Área Científica e o Vice-Decano para a Área Académica. O Decano é a entidade que representa, superintende, dirige, coordena e fiscaliza todas as actividades da FDUAN. O Vice-Decano para a Área Científica superintende em todas as questões relacionadas com estruturação dos cursos ministrados na FDUAN, contratação de professores, cabendo-lhe, por inerência, a presidência do Conselho Científico.

O Vice-Decano para a Área Académica superintende em todas as questões relacionadas com os estudantes, designadamente com a sua admissão à FDUAN. O Decano e os Vice-Decanos são eleitos pela Assembleia da FDUAN para um mandato de quatro anos, renovável uma só vez.

O Conselho Directivo é o órgão de apoio e assessoria do Decano, cabendo-lhe emitir parecer e pronunciar-se sobre todos os assuntos relacionados com a direcção e gestão administrativa, financeira e patrimonial da FDUAN que lhe sejam submetidos. Integram o Conselho Directivo o Decano e Vice-Decanos, os Chefes dos Departamentos de Ensino e Investigação (DEI), o Coordenador do Centro de Investigação Científica e Pós-Graduação (CICP), os responsáveis de todos os serviços executivos e de apoio equiparáveis a Departamentos, o Presidente e o Vice-Presidente da Associação de Estudantes.

O Conselho Científico da FDUAN é órgão deliberativo para todas as questões relacionadas com a área científica, de investigação e de pós-graduação. O Conselho Científico é presidido pelo Vice-Decano para a Área Científica e integra todos os professores e investigadores com o grau mínimo de Mestre, podendo ainda incluir convidados desde que habilitados com o mesmo grau académico.

Os Serviços de Apoio Técnico da FDUAN compreendem os Departamentos de Ensino e de Investigação (DEI), o Departamento de Informação e Documentação (DID), os Centros de Estudos e o Centro de Investigação Científica e de Pós-Graduação (CICP).

Os DEI são unidades pluridisciplinares de criação e transmissão de conhecimento, dotados de recursos humanos e financeiros próprios. Actualmente, a FDUAN tem quatro DEI, a saber, o DEI de Ciências Jurídico-Políticas, o DEI de Ciências Jurídico-Civis e o DEI de Ciências Jurídico-Criminais e o DEI de Ciências Jurídico-Empresariais.

O DID é o órgão de apoio técnico, literário e bibliográfico da FDUAN, a quem cabe organizar um banco de dados sobre toda a informação necessária à actividade da FDUAN, respectivo tratamento e processamento. O DID compreende a biblioteca e a livraria da FDUAN.

Os Centros de Estudos são órgãos da FDUAN que têm por objectivo a formação complementar do ensino do Direito e a investigação nas áreas concernentes a cada centro. Actualmente, a FDUAN tem quatro Centros de Estudos, a saber, o Centro de Ciências Jurídico-Económicas e Sociais, o Centro de Estudos de Práticas Jurídicas e Processuais, o Centro de Estudos, o Centro de Estudos de Direito Público e Ciências Jurídico-Políticas e o Centro de Estudos de Ciências Jurídico-Civis, Direito da Família e Direito da Criança. Estes Centros regem-se por diploma próprio.

O CICP é um órgão da FDUAN que se dedica principalmente ao desenvolvimento de actividades de investigação científica associadas à formação pós-graduada nas diferentes áreas do conhecimento científico. O CICP goza de autonomia administrativa, científica e financeira, sendo dirigido por um coordenador nomeado pelo Reitor da Universidade Agostinho Neto.